Der Boden ist eines der schwierigsten zu untersuchenden Kompartimente, im Vergleich zu Luft und Wasser. Seine Zusammensetzung ist sehr heterogen. Das heisst, dass das die Untersuchung eines Stücks Bodens keine zwei Meter weiter völlig andere Ergebnisse geben könnte.
Dem Boden drohen Gefahren von mehreren Seiten. Zuerst ist auf die Erosion, Abtrag des Bodens, hinzuweisen, sei sie nun natürlich (Wind, Wasser) oder unnatürlich (Bau von Infrastrukturbauten oder Häusern). Des weiteren gefährdet der Mensch den Boden durch anthropogene Verschmutzungen, zum Beispiel den Eintrag durch Öl bei einem kaputten Tank oder bei einem Lastwagenunfall. Die hydrophilen Substanzen gelangen ins Grundwasser und von dort im schlechtesten Fall in eine Trinkwasserfassung. Die hydrophoben Substanzen haften an den Bodenpartikeln und verseuchen dadurch den Boden.
Die Nutzung des Bodens zur Nahrungsproduktion hat einen Entzug von Mineralstoffen oder den Elementen Stickstoff, Phosphor zur Folge, die anthropogen durch Dünger wieder dem Boden zugegeben werden können. Allerdings kann der Humus (organische Substanz des Bodens) nicht durch den Menschen zugegeben werden, so dass der Boden langsam verarmt. Gleichzeitig wird er durch den Einsatz von Landmaschinen komprimiert und der Porenraum (auch für die Wasserzufuhr nötig) wird verkleinert. Dies führt langsam zur Unfruchtbarkeit des Bodens. Der Dünger wiederum kann zur Anreicherung von gewissen Elementen im Boden führen.
Beim Boden ist auch immer wieder vom Altlastenproblem die Rede. Damit sind Geländestücke gemeint, auf denen in einem früheren Stadium Substanzen (Erdöl oder andere Chemikalien) in den Boden ausgelaufen sind oder entsorgt/deponiert wurden. Diese Flächen müssen entweder gereinigt oder von der Umwelt isoliert werden. Diese Bodensanierungen werden zu sehr hohen Kosten für die Landbesitzer führen.

Nullemissions-Fahrzeuge:
Die Technologie für Nullemissions-Fahrzeuge ist vorhanden. Elektro-Autos sind dabei von zentraler Bedeutung. Sie zeichnen sich dadurch aus, dass sie keine Auspuff-Emissionen verursachen, sondern lediglich die Emissionen der ursprünglichen Energiegewinnung im Kraftwerk eine Rolle spielen. Daneben ist auch mit der Brennstoffzelle als elektrischem Energieumwandler zu rechnen. Beispielsweise hat General Motors anfangs August 2000 bekannt gegeben, bis 2010 ein Brennstoffzellen-Auto in Serie zu bauen. Grosse Fortschritte bei einem Verfahren zur Wasserstoff-Herstellung mittels Benzin würden diesen Schritt ermöglichen, heisst es. Bei einer Brennstoffzelle handelt es sich um einen elektrischen Energieumwandler, der Wasserstoff und Sauerstoff zu Wasser oxidiert und dabei mit hohem Wirkungsgrad Strom für den Elektromotor erzeugt. Dabei fallen ausser dem Strom, Abwärme und Wasser lediglich CO2-Emissionen an, wobei auch von diesen nur etwa die Hälfte der Emissionen eines "normalen" PWs. Der heikelste Punkt bei der Herstellung von Brennstoffzellen-Autos ist die Lagerung des hochexplosiven Gases.
Neben diesen technischen Problemen gibt es mit aber auch andere problematische Aspekte: die noch neue Technologie bedingt, dass die Nullemissions-Autos sehr teuer sind und daher im Vergleich zu anderen Wagen, wie z.B. Sport-Utility-Cars, nicht sonderlich attraktiv. Kalifornien versucht nun mit allen Mitteln, Anreize für den Kauf zu schaffen.